Hallo,
falls es das "alte" Modell 450 ist, kann es auch sein, dass die dreieckigen Fenster neben der Heckscheibe undicht sind.
Wenn man bei einem Auto die Türen schließt, wird viel Luft verdrängt bzw. zusammengepresst. Da beim Smart keine Lüftungsklappen vorhanden sind, wird das schwächste Teil in Mitleidenschaft gezogen, die kleinen Dreieckfenster am Heck.
Zum Prüfen am Besten die untere Ecke der Fenster genau beobachten, etwas Mehl hinstreuen oder ein Löschblatt o.ä. darunter kleben. Wenn die Dichtungsmasse undicht ist, läuft das Wasser die paar cm am Tridion entlang, dann hinter die Kofferraumverkleidung und dann unter dem Teppich bis ganz nach vorn. Zum Trocknen muss der Teppich komplett raus, da sich auch viel Wasser unter dem Sitz sammelt. Das ist nicht besonders schwer, dauert aber ein wenig und man muss ein paar Tage ohne Teppich fahren - ist verdammt laut 
Zum Ausbau der Fenster den Rahmenteile innen zuerst entfernen, dann die Scheiben nach hinten wegziehen. Neue Dichtungsmasse drauf (gut eignet sich "Terodicht-schwarze Scheibendichtungsmasse" von Teroson, erhältlich z.B. bei Wessels und Müller), dann die Scheiben wieder einschieben und den Rahmen innen wieder einsetzen. Beim Innenrahmen können gern auch mal ein paar Teile abbrechen, also vorsichtig hebeln/ausbauen.
Viel Erfolg,
Nico